Los efluentes industriales ingresan al sistema de estanques luego de recibir un tratamiento primario en cada planta pesquera. Primeramente se introducen en una laguna anaeróbica que por rebalse los transporta a dos cuencos aeróbicos, donde completan la mineralización de la materia orgánica. Los estanques aeróbicos tienen ocho aireadores de 7HP y otros ocho de 2HP. El líquido tratado termina en un cuenco de disposición final, donde se evapora y se prevé su posterior reuso en riego de plantas halóctonas.